Конкурс проводиться у три етапи:

• І етап  
• II етап  
• III етап 

Строки, місце та умови проведення І та ІІ етапів конкурсу визначаються та затверджуються Міністерством освіти і науки, молоді та спорту Автономної Республіки Крим, управліннями освіти і науки обласних, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій відповідно до цих Правил. У правилах визначаються кількісний склад команд, пропорційність представленості навчальних закладів у конкурсі, місце та інші питання його проведення з урахуванням місцевих можливостей.

Учасники конкурсу

У конкурсі беруть участь учні 9-11 класів загальноосвітніх навчальних закладів та учні (вихованці, слухачі) відповідного віку позашкільних, професійно-технічних навчальних закладів, студенти вищих навчальних закладів І-ІІ рівня акредитації, які активно займаються науково-дослідницькою діяльністю.

У конкурсі можуть брати участь учні 7-8 класів за умови виконання ними випробувань із базових дисциплін за програмами 9 класу.

Учасник конкурсу може брати участь у декількох секціях або відділеннях за умови подання такої ж кількості робіт відповідно до напрямів секцій. У разі неспівпадання базових дисциплін та рівнів завдань у секціях за рішенням журі учасник повинен писати декілька контрольних робіт.

Рішення про заміну попередньо заявленого учасника конкурсу приймає голова (співголова) оргкомітету в разі офіційного звернення.

До місця проведення конкурсу учасники прибувають організовано в супроводі керівника команди, який призначається з числа керівників гуртків, секцій, вчителів, викладачів навчальних закладів, активних учасників підготовки учнів до конкурсу. На керівника команди покладається відповідальність за життя і здоров’я членів команди та підготовку документів щодо участі в конкурсі.

Питання присутності керівників команд, наукових керівників учасників конкурсу під час захисту науково-дослідницьких робіт вирішується оргкомітетом.

Категорично забороняється втручання батьків учасників та інших сторонніх осіб у процедуру проведення конкурсу та розгляду апеляцій.

Учасники конкурсу зобов’язані дотримуватись вимог цих Правил, програми конкурсу, норм поведінки, правил техніки безпеки та виконувати рішення оргкомітету й журі.

Питання фото-, кіно-, телезйомки під час проведення конкурсу заздалегідь узгоджується з оргкомітетом та головою журі секції.

У разі порушення цих вимог спільним рішенням оргкомітету та журі учасники можуть бути дискваліфіковані.

Учасники ІІІ етапу конкурсу.

• У ІІІ етапі конкурсу в кожному науковому відділенні беруть участь команди Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва та Севастополя. Членами команди можуть бути учні, які зайняли перші місця (як виняток другі) в ІІ етапі конкурсу.
• У ІІІ етапі конкурсу в межах відділень "Хімія та біологія", "Екологія та аграрні науки" бере участь команда, сформована з переможців конкурсу-захисту науково-дослідницьких робіт слухачів Всеукраїнської заочної біологічної школи – членів наукового товариства учнів "Ерудит" Національного еколого-натуралістичного центру учнівської молоді. Склад команди затверджується окремим наказом Міністерства. Кількісний склад команди відповідає кількості секцій наукового відділення. У секції може брати участь тільки один представник команди.
• На ІІІ етапі за результатами участі команд у конкурсі в 2012 році територіальним відділенням Малої академії наук України (далі – МАНУ), які за командним рейтингом* набрали найбільшу кількість балів, у 2013 році надаються додаткові місця. Загальна кількість додаткових місць за відділеннями не перевищує 5 відсотків від загальної кількості учасників відділення (додаток). Додаткові місця не визначаються для відділення економіки та секцій правознавства, психології, медицини, англійської мови.